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基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗黄褐斑的作用机制

更新时间:2025年04月29日阅读:49次 下载:36次 下载 手机版

作者: 薛文君 1 张鸣飞 1 唐志坤 2

作者单位: 1. 山东中医药大学第一临床医学院(济南 250014) 2. 山东中医药大学附属医院美容皮肤科(济南 250013)

关键词: 二至丸 黄褐斑 网络药理学 靶点预测 分子对接

DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202412111

基金项目: 山东省中医药管理局基金项目(鲁卫函[2020]132号)

引用格式: 薛文君,张鸣飞,唐志坤. 基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗黄褐斑的作用机制[J]. 药学前沿, 2025, 29(4): 541-550. DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202412111.

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摘要| Abstract

目的  运用网络药理学和分子对接技术分析二至丸治疗黄褐斑的作用机制。

方 法  利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索二至丸的主要化学成分并筛选中药有效活性靶点,在GeneCards、DisGeNET、TTD、DrugBank数据库检索黄褐斑疾病靶点,筛选二者的交集靶点并输入String平台,构建蛋白质互作网络,利用CytoScape数据库筛选出核心靶点,并使用David平台富集分析,使用CytoScape 3.9.1软件构建“二至丸成分-黄褐斑靶点-通路”网络,通过CB-Dock2分子对接在线平台进行分子对接验证。

结果  二至丸通过槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、金合欢素、红车轴草素、女贞果苷C、花旗松素、蟛蜞菊内脂、圣草酚等核心活性成分,作用于化学致癌作用-受体激活通路、癌症相关通路、细胞色素P450介导的外源代谢、雌激素信号通路、卵巢类固醇、类固醇激素生物合成、代谢通路等通路,作用于前列腺素过氧化合酶1、前列腺素过氧化合酶2、细胞色素P450 1A1、细胞色素P450 3A4、表皮细胞生长因子靶点,起到治疗黄褐斑的作用。分子对接结果显示,98%的核心活性成分与核心靶点之间结合能均≤-7 kcal/mol,具备稳固的结合效应。

结论  二至丸可通过多组分、多靶点及多通路实现治疗黄褐斑的作用。

全文| Full-text

黄褐斑是一种临床上常见的色素增加性皮肤病,多见于中青年女性,且发病部位以面部为主,严重影响美观,同时具有治疗困难且易复发的缺点,容易对患者心理造成不良影响[1]。其发病机制复杂,目前相关方面的研究聚焦于遗传因素、雌性激素水平、光老化及真皮细胞外基质病变等领域[2]。相较于长时间的口服药物治疗,患者更倾向于局部外治疗法,例如外用氢醌乳膏、光电治疗等,但仍存在破坏皮肤屏障功能、黄褐斑复发及潜在的致癌风险[3]。

中药治疗黄褐斑具有疗效稳定、不良反应小的优势。《素问·上古天真论篇》指出,黄褐斑的发生始于“五七,阳明脉衰”,而至“六七,三阳脉衰于上”[4]。肾气的衰减与黄褐斑的发病密切相关,目前中医黄褐斑的治疗总则以疏肝健脾补肾、理气活血化瘀为主。肝肾阴虚证是黄褐斑的一个重要证型,常用女贞子、熟地、当归、山药、墨旱莲、丹皮、山茱萸、菟丝子、生地等药治疗。由女贞子、墨旱莲组成的二至丸为滋补肝肾经典方,药简力专,临床中多用其加味治疗[4]。唐志坤[5]通过分析古今用药,筛选出二至丸为治疗黄褐斑的高频方剂,并组成滋阴活血方,临床应用中疗效显著。张丰川教授认为肝肾阴虚型黄褐斑发病“肾虚为本,血瘀为要”,针对肾虚之症选用女贞墨、旱莲子等药以补肾养肝[6]。张福萍等[7]应用消斑方治疗联合氨甲环酸口服治疗血管型黄褐斑,治疗后患者树突状细胞形态、炎症细胞、黑素细胞及血管数量评分均较前降低。何银香等 [8]应用调冲消斑汤联合口服氨甲环酸片、维生素C钠治疗黄褐斑,患者皮损面积、皮损颜色、皮肤病生活质量指数评分和血清雌激素、孕激素水平改善,从而缓解患者皮肤色素沉着、斑点等问题。滋补肝肾法在治疗黄褐斑的疗效也已得到广泛的临床证实,但二至丸应用于黄褐斑治疗的作用机制尚未完全明确[9-11]。网络药理学是多学科整合的结果,能够从生物网络的角度去解析中药复杂体系,揭示中药复杂成分跟生物网络之间的交互作用及交互规律,从而可为中医治疗黄褐斑提供参考[12]。本研究采用网络药理学方法分析二至丸治疗黄褐斑的药理机制,为二至丸治疗黄褐斑与滋补肝肾法扩大临床应用提供参考。

1 资料与方法

1.1 二至丸相关靶点筛选

通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP,https://old.tcmsp-e.com//tcmsp.php)[13]以女贞子和墨旱莲为关键词,将口服利用度(oral bioavailability,OB)≥30%且类药性(drug-likeness,DL)≥0.18作为标准初步筛选其核心化合物及其蛋白质靶点。将筛选后的靶点输入UniProt蛋白质数据库(https://www.uniprot.org)规范化处理。

1.2 黄褐斑相关靶点筛选

以黄褐斑的英文“chloasma”“melasma”为关键词[14],除去melanosis、黑变病等类似名词,在GeneCards(https://www.genecards.org)、DisGeNET(https://www.disgenet.org)、治疗靶点数据库(Therapeutic Target Database,TTD,https://ngdc.cncb.ac.cn/databasecommons/)中挖掘黄褐斑疾病的潜在靶点,并在DrugBank数据库(https://www.drugbank.ca)寻找治疗黄褐斑的西药作用靶点进行补充,合并4个数据库靶点后去重整合,再次用UniProt蛋白质数据库进行规范化处理,得到黄褐斑疾病靶点。

1.3 二至丸成分-黄褐斑靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络构建

利用微生信在线平台(https://www.bioinformatics.com.cn)[15]将二至丸与黄褐斑的相关靶点取交集并绘制韦恩图,再将其交集靶点上传至String 12.0数据库https://string-db.org。根据以下条件筛选:Homo sapiens、medium confidence>0.4,其余设置均为默认设置,得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,再将PPI网络模型导入CytoScape 3.9.1,利用其内置的Centiscape 2.2插件根据筛选条件紧密度(closenesss) unDir>0.064 414 453 170 434、介度(betweenness) unDir>6.181 818 181 818 18、连接度(degree)unDir>4.727 272 727进一步分析得出2个核心靶点前列腺素过氧化合酶(prostaglandin-endoperoxide synthase,PTGS)2、表皮细胞生长因子(epidermal growth factor,EGF)。

1.4 二至丸成分-黄褐斑靶点功能与通路的富集分析

注释可视化和集成发现数据库(Database for Annotation Visualization and Integrated Discovery,DAVID,https://david.ncifcrf.gov)汇集了多个功能注释来源,是一套全面的功能注释工具[16]。考虑到先前分析得出的核心靶点数量较少,故仍将二至丸与黄褐斑全部交集靶点上传至DAVID平台,对生物过程、细胞组分、分子功能进行GO富集分析,保存数据结果并利用微生信在线平台(https://www.bioinformatics.com.cn)对数据进行可视化[17]。

1.5 二至丸成分-黄褐斑靶点-通路网络图的构建

运用CytoScape 3.9.1构建二至丸成分-黄褐斑靶点-通路网络图,内置插件Centiscape 2.2根据degree、betweenness及closenesss等网络拓扑参数为依据判断其核心靶点及发挥药效的主要活性成分。

1.6 分子对接验证

将交集靶点PPI网络中筛选出的2个关键基因和二至丸成分-黄褐斑靶点-通路网络图中degree排名前4的基因汇总,去重后共5个基因节点。依靠CB-Dock2(https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/index.php)将5个基因节点所对应的靶点蛋白和二至丸成分-黄褐斑靶点-通路网络图中degree排名前10的活性成分进行分子对接模拟[18],以Vina Score值评价主要活性成分与核心靶点的结合强度。

2 结果

2.1 二至丸活性成分靶点的获取

通过TCMSP初步获取活性成分:女贞子119种,墨旱莲48种,以OB≥30%且DL≥0.18为条件筛选并经规范化名称处理后共获得墨旱莲8种、女贞子8种活性成分,包括β-谷甾醇、山奈酚、花旗松素等(表1)。获取化学成分作用靶点:女贞子185个、墨旱莲169个,整理去重后共得到靶点193个。

  • 表格1 二至丸主要活性成分
    Table 1.The main active components of Erzhi pill

2.2 黄褐斑疾病靶点的获取

通过GeneCards数据库获得黄褐斑靶点34个、DisGeNET数据库获得黄褐斑靶点25个,并结合TTD、DrugBank数据库补充相关靶点37个,经去重后最终得到81个黄褐斑疾病相关靶点。

2.3 二至丸成分-黄褐斑靶点PPI网络的构建

将筛选出的二至丸活性成分靶点与黄褐斑疾病靶点取交集,并绘制韦恩图(图1A),确定了二至丸成分-黄褐斑疾病交集靶点11个,分别为:细胞色素P450(cytochrome P450,CYP)1A1、CYP3A4、EGF、红细胞沉降率(erythrocyte sedimentation rate,ESR)1、ESR2、一氧化氮合酶(nitric oxide synthase,NOS)2、胃蛋白酶原Ⅰ/Ⅱ比值(pepsinogen ratio,PGR)、PTGS2、类视黄醇X受体α(retinoid X receptor alpha,RXRA)、酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGFA)。将交集靶点提交至String 12.0数据库构建PPI网络(图1B),再导入CytoScape 3.9.1对网络图进行分析(图1C),筛选后得到2个核心靶点PTGS2和EGF。

  • 图1 二至丸成分-黄褐斑靶点PPI网络的构建
    Figure 1.Construction of PPI network of Erzhi pill component-melasma target
    注:A. 韦恩图;B、C. 二至丸成分-黄褐斑靶点PPI网络(String数据库和CytoScape软件);图C中颜色代表其degree、透明度代表closeness、面积代表betweenness,节点颜色越深、面积越大、透明度越高该节点越重要。

2.4 靶点功能与通路的富集分析

通过DAVID数据平台对二至丸治疗黄褐斑相关靶点进行信号通路分析,选取GO细胞组分富集分析得出的2个结果与GO生物过程、分子功能富集分析结果前10及KEGG分析得出的15个结果依靠微生信在线平台对结果进行可视化处理。结果显示,二至丸主要参与的生物学过程包括细胞内类固醇激素受体信号通路、对脂多糖的应答、前列腺素的分泌、脂质羟基化等。相关靶点治疗黄褐斑的功能主要富集于酶结合、类固醇激素受体活性、类固醇结合(图2)。参与的通路主要有化学致癌作用-受体激活通路、癌症相关通路等(图3)。

  • 图2 二至丸主要成分靶点的GO分析
    Figure 2.GO analysis of the main component targets of Erzhi pill

  • 图3 二至丸主要成分靶点的KEGG分析
    Figure 3.KEGG analysis of the main component targets of Erzhi pill

2.5 二至丸成分-黄褐斑疾病靶点-通路网络图的构建

应用CytoScape 3.9.1软件构建二至丸成分-黄褐斑疾病靶点-通路网络图(图4),分析参数得到二至丸治疗黄褐斑的核心成分靶点。选取成分-疾病靶点-通路网络图中degree值排名前10的成分作为核心活性成分。其中,槲皮素degree为142,betweenness为0.693 4,closeness为0.617  3,预测槲皮素为二至丸治疗黄褐斑的主要成分,其余相对重要成分依次为山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、金合欢素、红车轴草素、女贞果苷C、花旗松素、蟛蜞菊内脂、圣草酚(表2)。

  • 图4 二至丸成分-黄褐斑疾病靶点-通路网络
    Figure 4.Component of Erzhi pill- disease target of melasma-pathway network
    注:圆形节点代表药物的活性成分,矩形为靶点,倒三角为通路;不同颜色的圆形节点为不同药物,多药物相同的活性成分用灰蓝色表示;节点的面积代表其度数,面积越大说明该节点越重要。

  • 表格2 二至丸主要活性成分网络节点特征参数
    Table 2.Network node characteristic parameters of main active components of Erzhi Pills

选取PPI网络得出2个核心靶点PTGS2和EGF,以及成分-疾病靶点-通路网络图中degree排名前4的靶点作为核心活性靶点。PTGS2在网络中的degree为17,betweenness为0.504 6,closeness为0.078 4,预测PTGS2为二至丸治疗黄褐斑的最主要靶点,PTGS1、CYP3A4、CYP1A1的degree均为9,同样为相对重要的靶点。

2.6 分子对接模拟

在线分子对接平台CB-Dock2对接结果见图5。图中的数值代表蛋白质受体与活性小分子配体的Vina Score值,即蛋白与分子的结合能,结合能的绝对值越大,表示结合活性越强,分子构象越稳定,结合能<0 kcal/mol,表示分子与靶点之间可自发结合;结合能≤-5.0  kcal/ mol,表示分子与靶点结合活性较好;结合能≤-7.0  kcal/ mol,表示分子与靶点结合牢固[19]。选取每个核心活性成分结合活性最强的核心靶点进行分子对接可视化(图6)。

  • 图5 分子对接结果 (kcal/mol)
    Figure 5.Figure 5.Molecular docking results (kcal/mol)

  • 图6 分子对接模型
    Figure 6.Molecular docking model

3 讨论

黄褐斑表现为颜面部对称性黄褐色的色素沉着斑,中医上属于肝斑、黧黑斑的范畴,其病位在肝,与脾肾密切相关,多因气机不畅,腠理受风,忧思抑郁,肝脾肾功能失调所致。黄褐斑的核心病机为血瘀,分为进展期和稳定期,进展期以肝郁为主,稳定期以阴虚或阳虚为主[20]。现代医学认为黄褐斑的主要病因涉及遗传、日光、激素水平等方面,其治疗原则为减少色素生成、血管增生、修复皮肤屏障[21]。

二至丸由女贞子、墨旱莲两味中组成,主治肝肾阴虚证,现代药理学研究表明二至丸具有保护肾脏、保护肝脏、抗骨质疏松、抗衰老的药理活性。女贞子的三萜类、环烯醚萜类使其发挥作用的主要物质基础,其标志物有特女贞苷、红景天苷、齐墩果酸等,黄酮类、环烯醚萜类为其发挥抗氧化作用的成分[21]。墨旱莲的标志物为木犀草素、木犀草苷、蟛蜞菊内酯、去甲蟛蜞菊内酯[22]。既往研究表明,二至丸治疗黄褐斑的机制可能与其保护肾脏、保护肝脏、抗氧化、抗炎的作用相关[23-24]。

本研究中利用CytoScape 3.9.1软件根据degree值筛选出二至丸治疗黄褐斑的核心活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、金合欢素、红车轴草素、女贞果苷C、花旗松素、蟛蜞菊内脂、圣草酚。其中,槲皮素、山奈酚、木犀草素、花旗松素、金合欢素同属黄酮类,黄酮类化合物普遍具有明显的抗氧化和抑制黑色素生成的活性 [25]。槲皮素能够通过对p38丝裂原活化蛋白激酶/细胞外信号调节激酶信号通路的双向调控影响黑色素合成,低剂量对中波紫外线诱导的黄褐斑模型豚鼠黑色素沉积,高剂量会加重黑色素的沉积 [26]。酪氨酸酶是调控黑色素生成的限速酶,L-酪氨酸在其氧化作用下形成多巴,最终合成黑色素。山奈酚可通过抑制酪氨酸酶,进而抑制黑色素的合成,并通过激活抗氧化基因来发挥其抗氧化作用 [27-28]。木犀草素可高效清除自由基、保护细胞,体内协同抗氧化剂,显著提升抗氧化力 [12]。萜类化合物有较强的抗氧化作用。β-谷甾醇属于四环三萜类化合物,赖丽玲等的研究发现β-谷甾醇对羟自由基和超氧阴离子都具有较好的抗氧化能力 [29]。女贞果苷C属环烯醚萜化合物,其抗氧化作用是水溶性维生素E的4倍[30]。红车轴草素可以改善氧剥夺/再灌注诱导的HT22细胞氧化应激,使活性氧、丙二醛、超氧化物歧化酶、过氧化氢酶氧化应激相关指标的变化减弱[28]。圣草酚可能通过抑制氧化应激反应及转化生长因子通路的活化,从而剂量依赖性地抑制转化生长因子-β1诱导的HSF细胞纤维化[31]。蟛蜞菊内酯具有抗炎、保肝、保护肾脏的作用,可抑制环氧化酶(cyclooxygenase,COX)2的蛋白表达、前列腺素E2的生成,也能抑制一氧化氮和肿瘤坏死因子α生成,以发挥抗炎作用[31],还能清除自由基和其加合物而发挥抗氧化作用[32]。

根据degree值及PPI网络筛选出二至丸治疗黄褐斑的核心靶点是PTGS2、PTGS1、CYP1A1、CYP3A4、EGF,这些靶点主要通过抗炎抗氧化、抑制黑色素、修复基底膜发挥治疗黄褐斑的作用。PTGS经基因转录生成COX,COX-2是氧化应激过程中的重要调节因子之一[33]。研究表明,黄褐斑严重程度、表皮黑色素数目与COX-2表达呈正相关[34],黑素细胞中COX-2敲除可以导致酪氨酸酶、酪氨酸酶相关蛋白-1和小眼畸形相关转录因子的表达降低[35]。杨丰侨等[36]研究发现,银杏双黄酮可通过激活AMP活化蛋白激酶信号进而抑制COX-2的表达,诱导黑色素瘤细胞凋亡。花生四烯酸能够在COX-2的催化下转化为PGE2,PGE2能够通过激活Ca2+/钙调神经磷酸酶 /活化T细胞核因子等信号通路,促进黑素细胞增殖和黑素生成[37]。应用调Q 1 064 nm激光联合强脉冲光治疗黄褐斑后,血清COX-2水平较治疗前明显降低 [38-39],这提示COX-2是开发抗黑素生成药物的良好靶点。CYP家族1-4催化与药物和外源性药物解毒有关的反应,CYP1A1、CYP1A2、CYP1B1和CYP3A4是皮肤CYP的主要存在形式 [40]。田李星等[41]研究表明,CYP1A1可通过抑制脂多糖诱导时巨噬细胞中信号转导及转录激活蛋白6活化水平以降低精氨酸酶1表达,但此效应可能与CYP1A1环氧化酶活性有关。CYP3A4能够氧化外源有机小分子,促进药物外排。张志娟[42]在研究山高粱对急性化学性肝损伤的保护作用机制中发现山奈酚对肝药酶CYP3A4具有中等强度的抑制作用,说明二至丸作用于这一靶点主要是通过抑制CYP3A4活性,进而提高整体生物利用度,起到增强疗效的作用。EGF可通过提高基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)-2和MMP-9的活性和表达,调节MMP-2和MMP-9的转录水平,诱导组织因子、蛋白水解酶及基质胶原酶的表达,改变细胞外基质和基底膜[43]。基底膜结构完整性的破坏为黑素细胞及其色素颗粒向真皮层迁移提供了通道,直接导致了黄褐斑色素沉着的顽固性和治疗后的高复发率[44]。研究表明,重组人EGF可以修复基底膜、减轻色素沉着,从而降低黄褐斑面积和严重程度指数评分,起到治疗黄褐斑的作用[45-46]。

富集分析结果显示,二至丸治疗黄褐斑的通路主要涉及化学致癌作用-受体激活通路、癌症相关通路CYP介导的外源代谢、雌激素信号通路、卵巢类固醇、类固醇激素生物合成、代谢通路。CYP代谢转化外源性物质和内源性物质的作用,在外源性化合物方面,CYP兼具减少毒性及催化生成毒性更强的代谢产物的效果 [47]。某些药物和外源性物质已被发现是雌激素羟化酶的有效诱导剂,黄褐斑患者存在色氨酸代谢途径和苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成等途径的代谢异常[48]。黄褐斑在亚裔绝经期和绝经后的妇女中较为流行,提示了激素在黄褐斑发病机制中的作用,雌激素通过肾脏PDZ结构域蛋白1调控TYR表达,从而参与了黑色素生成的调控[49]。

分子对接结果显示,二至丸治疗黄褐斑的核心活性成分与核心靶点结合活性较好(结合能均≤-6  kcal/mol),98%的核心活性成分与核心靶点间均具备稳固的结合效应(结合能≤-7  kcal/ mol),其中红车轴草素与CPY1A1、花旗松素与EGF的Vina评分达到了-10.0  kcal/ mol,说明二至丸治疗黄褐斑的作用机制预测结果有一定可靠性。

综上,本研究结果表明,二至丸治疗黄褐斑的作用机制涉及多组分、多靶点及多通路,可能通过槲皮素、山奈酚、木犀草素等核心活性成分,作用于化学致癌作用-受体激活通路、癌症相关通路、CYP介导的外源代谢等通路和PTGS2、PTGS1、CYP1A1、CYP3A4、EGF靶点,发挥其抗炎、抗氧化、抑制黑色素合成、修复皮肤屏障、调节内分泌的药理机制,从而实现治疗黄褐斑的作用。

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