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基于网络药理学探究玉屏风颗粒治疗小儿反复呼吸道感染的作用机制

更新时间:2024年10月14日阅读:828次 下载:177次 下载 手机版

作者: 洪秋月 况琦 吴俊

作者单位: 丽水市中医院儿科(浙江丽水 323000)

关键词: 玉屏风颗粒 反复呼吸道感染 分子机制 网络药理学 GO富集分析 KEGG信号通路富集分析

DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202407117

基金项目: 浙江省中医药科技计划项目(2022ZA188)

引用格式: 洪秋月,况 琦,吴 俊.基于网络药理学探究玉屏风颗粒治疗小儿反复呼吸道感染的作用机制[J]. 药学前沿,2024, 28(1):12-19.DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202407117.

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摘要| Abstract

目的  基于网络药理学分析玉屏风颗粒(YPFG)治疗反复呼吸道感染(RRTI)的作用机制,为中医药诊治RRTI提供药理学基础。

方法  采用TCMSP数据库和SwissTargetPredication数据库筛选YPFG的活性成分和活性成分靶点。利用DisGeNET数据库、DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库获取RRTI所有致病靶点。构建药物-疾病靶点-化合物网络和蛋白-蛋白相互作用网络探索主要作用药物、化合物和靶点蛋白。采用GO富集分析和KEGG信号通路富集分析探索YPFG治疗RRTI的主要分子机制。

结果  经筛选得到YPFG发挥作用的3种主要活性成分为黄花菜木脂素A、白花前胡乙素和汉黄芩素,主要治疗靶点为SRC(SRC原癌基因,非受体酪氨酸激酶)和环氧化酶-2。富集分析显示磷酸化(生物过程)、细胞质核周区(细胞组成)、磷酸转移酶活性(分子功能)等是主要的GO富集条目;信号通路主要涉及肿瘤信号通路、松弛素信号通路、Th17信号通路等。

结论  YPFG主要通过参与肿瘤信号通路、松弛素信号通路、Th17信号通路等某些关键节点的信号转导来治疗RRTI。YPFG对多个信号通路产生直接或间接的影响,其有多组分、多靶点、多通道作用的特点。

全文| Full-text

反复呼吸道感染(recurrent respiratory tract infection,RRTI)是指1年内超过一定次数、频繁发生的上呼吸道或下呼吸道感染[1],多发于儿童。病毒感染(流感病毒、副流感病毒、腺病毒等)和细菌感染(金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等)是儿童RRTI主要的致病因素[2]。相关调查显示,IRRT约占我国呼吸系统疾病的10%~20%,其中70%~80%的患者年龄在5岁以下[1]。RRTI是学龄前儿童死亡和残疾的主要危险因素,严重影响其身心健康,对家庭和社会构成重大的医疗负担 [3]。目前仍无针对RRTI治疗的有效药物[4]。匹多莫德作为一种免疫调节剂是安全的,但其疗效有限,且价格昂贵[5]。随着祖国医学的发展,中医药在诊治RRTI中逐渐发挥重要作用。

玉屏风颗粒(Yupingfeng granules,YPFG)是一种由黄芪、白术与防风组成的中药复方制剂。现代研究证实,YPFG具有抗炎、抗肿瘤、抗菌、抗病毒、调节免疫等多种作用[6-7]。目前,YPFG广泛用于哮喘、呼吸道感染、继发性免疫缺陷、RRTI等疾病的诊治[8-10]。Meta分析显示,YPFG可提高RRTI患儿治疗总反应率和血清免疫球蛋白A、免疫球蛋白G、免疫球蛋白M和CD3+ T细胞水平,从而改善病情[11]。动物实验证实YPFG可调节细胞骨架,改善大鼠肺泡-毛细血管屏障损伤[12]、胸腺和脾脏功能,增强免疫力 [13]。临床研究表明,YPFG可能通过抗疲劳和抗氧化等机制,显著缓解慢性阻塞性肺疾病患者的临床症状,降低急性加重发生率[14]。YPFG可降低变应性鼻炎患者B淋巴细胞癌-2基因(B-cell lymphocyte-2,Bcl-2)样口含脯氨酸蛋白抗体基因的表达,促进T辅助细胞的平衡,调节免疫功能[15]。YPFG通过抑制第2组先天淋巴细胞介导的II型反应[16],阻断流感病毒和人类呼吸道合胞病毒进入气道,可以缓解气道炎症,从而减少肺损伤,提高生存率 [17]。然而,YPFG具有多种成分、多种靶点、多种途径等特点,其作用的具体机制仍不明确。

基于此,本研究利用网络药理学方法,研究YPFG治疗RRTI的潜在药理作用和分子机制,为其治疗RRTI奠定理论依据。

1 资料与方法

1.1 研究设计

YPFG治疗RRTI药理学研究的一般实验设计包括以下主要步骤:①筛选YPFG活性成分;②YPFG治疗RRTI的靶点预测;③药物-疾病靶点(drug-disease-targets,DDTS)-化合物网络构建;④DDTS蛋白互作( protein-protein interaction,PPI)网络构建;⑤GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。

1.2 活性成分筛选

通过中药系统药理数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库(https://www.tcmsp-e.com/)检索黄芪、白术与防风各自的化合物组成,并利用PubChem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)对其化合物名称和分子结构进行检测。设置筛选条件进行活性化合物(active compound,AC)筛选[18]:①口服生物利用度≥30%;②药物相似性>0.18。

1.3 靶点预测

通过SwissTargetPredication数据库(http://www.swisstargetprediction.ch)获取YPFG大部分AC的潜在靶点,TCMSP数据库进行补充。以“Recurrent respiratory tract infection”为检索词,通过DisGeNET数据库(https://www.disgenet.org/)、DrugBank数据库(http://www.drugbank.ca/)、GeneCards数据库(https://www.genecards.org/)和OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)数据库(https://www.omim.org)获取RRTI所有致病靶点。使用UniProt(http://www.uniprot.org)和PubMed获取所有靶点相对应的基因符号。此外,将YPFG的AC潜在靶点和RRTI致病靶点取共有部分,DDTs用于后续分析。

1.4 DDTS-化合物网络和PPI网络构建

利用Cytoscape 3.7.2软件构建DDTS-化合物网络,依据度(degree)值和中介中心性评估网络中药物、AC和靶点的重要性。利用STRING数据库(https://string-db.org/)构建PPI网络。设置如下筛选条件[19]:①“Homo sapiens”;②“minimum required interaction score=0.9”;③“hide disconnected nodes”。得到PPI数据并以TSV格式保存,数据传导至Cytoscape 3.7.2软件,绘制PPI图,计算degree 值筛选关键靶点。

1.5 GO富集分析和KEGG信号通路富集分析

为了从生物学的角度进一步阐明YPFG的不同科学内涵,本研究使用Metaspace数据库(http://metascape.org/gp/index.html)对YPFG的DDTs进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析YPFG治疗小儿RRTIs的重要生物功能及信号通路,并绘制相关条形图和气泡图。

1.6 统计学分析

相关数据用EXCEL进行记录。在KEGG通路富集分析中,P<0.05为差异有统计学意义。

2 结果

2.1 YPFG治疗RRTI靶点预测

通过TCMSP数据库检索,共发现YPFG的45种活性化合物,其中黄芪、防风和白术分别对应20、18和7种。通过UniProt对所有靶点名称进行修正后,共获取RRTI潜在靶点数536个[DisGeNET数据库:373,DrugBank数据库:157,GeneCards数据库:501,OMIM数据库:258]和YPFG活性成分潜在靶点数为4 414个。将YPFG活性成分靶点和RRTI靶点取交集,获取DDTs 197 个(图1)。

  • 图1 YPFG的DDTS维恩图
    Figure 1.Venn diagram of YPFG DDTS

2.2 YPFG DDTS-化合物网络构建及可视化

利用Cytoscape软件构建DDTS-化合物网络,包括237个节点和835条边。如图 2所示,紫色表示YPFG的组成单味药,蓝色、绿色和粉色分别代表白术、黄芪和防风的活性有效化合物,黄色表示治疗靶点。根据degree值排序,排名前10的有效活性化合物分别为黄花菜木脂素A、白花前胡乙素、汉黄芩素等(表1)。根据degree值,排序前10的DDTS见表2。

  • 图2 DDTS-化合物网络图
    Figure 2.DDTS-compound network diagram

  • 表格1 YFPG关键有效活性化合物
    Table 1.Key effective active compounds of YFPG

  • 表格2 DDTS-化合物网络中YFPG关键治疗靶点
    Table 2.Key therapeutic targets of YFPG in the DDTS-compound network
    注:CDK2:细胞周期蛋白依赖性激酶2;PTGS2:前列腺素内过氧化物合酶2;ACHE:乙酰胆碱酯酶;ADORA2A:腺苷A2a受体;AR:雄激素受体;PIK3CG:磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基γ;SRC:SRC原癌基因,非受体酪氨酸激酶;PIK3CA:磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α;CDK1:细胞周期蛋白依赖性激酶1;GABRB3:γ-氨基丁酸A型受体亚基3。

2.3 YPFG DDTS PPI网络分析

STRING数据库结果显示PPI网络共包含195 个节点(靶点蛋白)和2 400条边(图3)。根据网络拓扑指数的degree值,排序前10的DDTs见表3。

  • 图3 DDTS PPI网络分析
    Figure 3.PPI network analysis of DDTS

  • 表格3 PPI网络中YFPG关键治疗靶点
    Table 3.Key therapeutic targets of YFPG in PPI network
    注:ATK1:丝氨酸/苏氨酸激酶1;EGFR:表皮生长因子受体;Bcl-2:B淋巴细胞瘤-2基因;SRC:SRC原癌基因,非受体酪氨酸激酶;JUN:Jun原癌基因,AP-1转录因子亚基;HSP90AA1:热休克蛋白90家族A类成员1;ESR1:雌激素受体1;ERBB2:人表皮生长因子受体2;MTOR:雷帕霉素靶点;PTGS2:前列腺素内过氧化物合酶2。

2.4 GO与KEGG

以错误发现率(false discovery rate,FDR)<0.01为筛选条件,对197个DDTs进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。此外,根据FDR值可视化前10条GO条目和前20条信号通路。如图4所示,生物过程、细胞组成和分子功能排名第1的项目分别是磷酸化、细胞质核周区和磷酸转移酶活性。如图5所示,信号通路主要涉及肿瘤信号通路、松弛素信号通路、Th17信号通路等。

  • 图4 排名前10的生物过程、细胞组成和分子功能
    Figure 4.Top 10 biological processes, cellular components, and molecular functions

  • 图5 排名前20的信号通路
    Figure 5.The top 20 signaling pathways

3 讨论

YPFG出自宋代医家张松《究原方》,由防风、黄芪、白术3味药组成。方中黄芪甘温,归脾、肺经,外可益气固表止汗,内可健运脾胃中气,为君药;白术甘温,归脾、胃经,可健脾益气,助黄芪益气实卫而密腠理,使汗不外泄,风寒邪气不得从肌肤而入;防风辛甘温,归膀胱、肝、脾经,有辛润疏风之功效。《灵枢·本脏》云:“卫气者,所以温分肉,充肌肤,肥腠理,司开阖者也。”三药合用,强卫气,温分肉,充肌肤,肥腠理,助开阖,恰似御风之屏障,有贵重如玉之本意,名为“YPFG”。YPFG的中药归经主要为脾经、肺经、膀胱经、胃经、肝经,其益气固表的效用可能是通过作用至上述经络,从而起效。其方仅3味中药,简而效宏,多被用于治疗反复上呼吸道感染、过敏性鼻炎、荨麻疹属肺脾气虚而外感风邪者,以及肾小球肾炎易于伤风感冒而致病情反复者[20]。RRTI实际上为机体免疫失衡,感染病毒或细菌的表现。对于反复发作的患者而言,适逢受凉、天气变化、过度疲劳均可诱发此病。对于大多数人群而言,本病并未影响健康状况,但对于老幼体弱、患有慢性呼吸道疾病的人群而言,本病极易引发其他疾病,甚至出现严重的并发症。增强免疫力、提高抗细菌和抗病毒能力是防治上呼吸道感染的关键,尤其是老年人与婴幼儿[21]。本研究基于网络药理学的方法探讨YPFG治疗RRTI的具体机制。

从单味药来看,本研究结果显示防风和黄芪是治疗RRTI的主要单味药,黄芪和防风的主要AC在治疗RRTI中发挥主要作用。进一步分析表明,黄花菜木脂素A(防风)、白花前胡乙素(防风)、汉黄芩素(防风)、华良姜素(黄芪)等是治疗RRTI的主要AC。黄花菜木脂素A和白花前胡乙素属香豆素类,现代药理学证实黄花菜木脂素A[22-23]和白花前胡乙素[24]均具有抗炎、调节免疫、抗癌、抗氧化等作用。汉黄芩素[24]和华良姜素[25]属黄酮类化合物,具有解热抗炎、抗氧化等作用。上述结果提示YPFG可能通过其主要成分发挥协同作用共同治疗RRTI。

从治疗靶点来看,DDTS-化合物网络和PPI网络排名前10的靶点并不一致,这种差异是由于中草药的加工方式、是否煎煮、靶标作用的特异性所致,值得进一步研究。但两者共有靶点为SRC和PTGS2。既往研究显示抑制SRC活化可抑制抗炎因子分泌和炎症过程[26]。PTGS2是炎症过程中的关键诱导酶,参与炎症反应[27-28]。既往研究通过分子对接证实SRC是汉黄芩素[29]和华良姜素[30]的潜在治疗靶点。此外,现代药理学证实汉黄芩素可抑制环氧合酶-2(COX-2)表达抑制炎症介质一氧化氮和前列腺素E2的产生从而有效抑制炎症反应[31]和阻碍细胞凋亡[32]。由于汉黄芩素和华良姜素是YPFG的主要AC,推测YPFG的抗炎作用和治疗反复呼吸道感染可能是通过调节SRC和COX-2介导的。但靶向SRC和COX-2的YPFG治疗RRTI,有待进一步研究。

KEGG富集分析结果显示肿瘤信号通路、松弛素信号通路、Th17信号通路等是YPFG治疗RRTI的主要信号通路。肿瘤信号通路包含15个与肿瘤形成相关的信号通路特异性标记基因。其中SRC通路和COX-2通路可能与反复呼吸道感染的发生发展密切相关。SRC/COX-2通路是导致炎症性疾病的重要机制的重要组成部分,在调节机体炎症免疫反应中起着关键作用[33]。因此,可以推测YPFG可能通过SRC/COX-2通路的一些关键节点的信号转导来实现RRTI治疗。综上所述,YPFG可能通过肿瘤信号通路、松弛素信号通路、Th17信号通路等在治疗RRTI中发挥作用。

综上所述,本研究对YPFG治疗RRTI的分子机制进行了初步理论研究,并显示YPFG的主要AC及靶基因与RRTI通路之间的关系,为进一步深入探索其作用机制提供了新思路。然而,由于本研究尚缺乏有效的实验作为验证,且目前受数据库收录靶点信息及疾病相关信息的限制,需开展体内外实验验证预测靶点,以期进一步指导临床治疗。

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