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探究中药经典抗类风湿性关节炎的多靶点调控网络及核心成分的筛选

更新时间:2025年09月01日阅读:224次 下载:35次 下载 手机版

作者: 朱珊珊 周军挺 吴婷

作者单位: 丽水市人民医院药学部(浙江丽水 323000)

关键词: 类风湿关节炎 网络药理学 核心成分 GO功能分析 KEGG通路富集分析 多靶点

DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202504076

引用格式: 朱珊珊,周军挺,吴 婷. 探究中药经典抗类风湿性关节炎的多靶点调控网络及核心成分的筛选[J]. 药学前沿, 2025, 29(8): 1280-1287. DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202504076 .

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摘要| Abstract

目的  探讨中医经典方剂在类风湿关节炎(RA)治疗中的用药规律与组方特征,并利用网络药理学方法阐释其核心活性成分的作用机制。

方法  选取临床常用于RA治疗的5种经典方剂(麻黄加术汤、桂枝芍药知母汤、宣痹汤、独活寄生汤及补肾驱寒治尪汤)。通过TCMSP数据库筛选复方活性成分并预测潜在作用靶点,同时结合GeneCards数据库获取RA相关靶点基因,采用Venn分析获得5种方剂的共同作用靶点及药物-疾病交集靶点。利用STRING数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,基于拓扑学参数筛选关键 调控靶点,并在R 4.4.2中进行GO功能和KEGG通路富集分析,解析其作用机制。

结果  5种方剂共包含37味中药,去重后获得287种活性成分,对应695个潜在作用靶点。其中,β-谷甾醇、豆甾醇、山奈酚、槲皮素和儿茶素为出现频率最高的5种活性成分。5方共有199个共同靶点,RA相关靶点共4 210个,药物-疾病交集靶点140个,连接度最高的5种化合物为槲皮素、木犀草素、山奈酚、汉黄芩素和β-谷甾醇。核心作用靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素(IL)-6、TP53和IL-1β等。GO功能分析表明,这些靶点主要涉及外源性药物反应、分子刺激应答、激酶调节活性、细胞膜与囊泡功能等生物过程;KEGG富集分析显示,其主要作用通路包括糖化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶(PI3K-Akt)信号通路、动脉粥样硬化及IL-17信号通路等。

结论  上述5种经典方剂可能通过多成分、多靶点、多通路协同作用发挥治疗RA的作用。本研究为RA的机制研究与临床应用提供了理论参考。

全文| Full-text

类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种慢性自身免疫性疾病,其核心病理特征为全身免疫系统异常激活,导致关节组织成为主要攻击目标。临床表现包括双侧关节对称性炎性病变,伴随持续性钝痛、晨僵现象及功能障碍,并可能伴随关节外表现及系统性并发症[1]。全球RA的患病率约为1%,女性患病风险显著高于男性(约3~5倍)[2]。RA发病机制复杂,涉及遗传、环境及自身免疫因素的相互作用[3]。RA的病理特征包括慢性炎症、滑膜增生、关节破坏以及系统性损害,最终导致患者功能丧失和生活质量下降 [4]。临床治疗RA主要依赖于糖皮质激素、非甾体抗炎药(non-steroidal anti-inflammatory drugs,NSAIDs)以缓解症状,而甲氨蝶呤作为经典的疾病改善抗风湿药,被广泛应用于基础治疗[5]。然而,药物治疗仍面临安全性(如感染风险、耐药性)和高成本等挑战。

中医学将RA归属于“痹症”范畴,认为其病机核心在于风、寒、湿邪侵袭机体,导致气血凝滞、经络受阻,并进一步发展为风湿瘀阻、肝肾亏虚、筋骨失养的病理状态[6]。因此,治疗原则主要围绕通阳行痹、祛风逐湿、止痛散寒展开[7]。历代医家对“痹症”及其相关症候的认识虽不尽相同,但均强调活血通络、祛邪扶正的重要性,并形成了桂枝芍药知母汤、宣痹汤、独活寄生汤等经典方剂,这些方剂在临床应用中展现出良好的疗效[8]。本研究通过检索目前在临床上应用广泛的5种经典汤剂(麻黄加术汤、桂枝芍药知母汤、宣痹汤、独活寄生汤、补肾驱寒治尪汤),基于网络药理学方法通过数据库挖掘这些中药治疗RA的疾病靶点和核心成分,并构建多靶点互作网络图寻找拟合的通路网络途径探讨靶点-疾病的互作关系,为后续基础及临床研究提供参考。

1 材料与方法

1.1 5种经典汤剂有效活性成分的筛选

通过中药系统药理学数据库与分析平台数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP,https://www.tcmsp-e.com/)获取麻黄加术汤、桂枝芍药知母汤、宣痹汤、独活寄生汤、补肾驱寒治尪汤的主要成分(共37种中药,麻黄、桂枝、甘草、苦杏仁、独活、桑寄生、防风、细辛、当归、川芎、熟地黄、白芍、茯苓、杜仲、牛膝、人参、知母、生姜、附子、防己、连翘、秦艽、栀子、薏苡仁、半夏、赤小豆、羌活、续断、骨碎补、赤芍、威灵仙、苍术、淫羊藿、伸筋草、松节、寻骨风、透骨草)及作用靶点,以类药性指数(≥0.18)和口服生物利用度(≥30%)作为条件进行筛选[9-14]。

1.2 获取 RA 相关疾病靶点

通过 GeneCards疾病数据库(https://www.genecards.org)查询得到“Rheumatoid Arthritis”疾病相关的靶点,筛选出Relevance≥1的靶点保存。

1.3 Venn取靶点交集

在R 4.4.2版本利用 Venn 包绘制中药活性成分作用靶点与 RA交集基因韦恩图,即“药物-疾病”交集靶点,找出5种复方共同相同靶点。

1.4 构建药物-疾病-靶点网络

将5种复方的中药活性成分、作用靶点与“药物-疾病”交集基因相对应,并在 Cytoscape 3.9.1 中分析网络图各节点属性,按照度值筛选出排名前8的核心活性成分与前5个核心基因。

1.5 构建蛋白质互作网络图

在STRING数据库(https://cn.string-db.org)建立蛋白质互作网络:将共同靶点列表载入平台,设置物种为智人,导出TSV格式互作数据。通过Cytoscape可视化网络拓扑结构,运用CytoHubba插件的马修斯相关系数法识别前10个枢纽节点,结合Network Analyzer计算节点筛选关键调控蛋白。

1.6 GO功能分析和KEGG 富集分析

在R 4.4.2软件中,采用clusterProfiler、org. Hs.eg.db、enrichplot、ggplot2等R包,对交集靶点进行GO功能注释与KEGG通路富集分析,显著性阈值设置为P<0.05。GO功能分析涵盖生物过程(biological process,BP)、细胞组分(cell component,CC)、分子功能(molecular function,MF)3个类别,分别筛选与RA治疗相关的前10个显著富集条目,并进行可视化展示。KEGG通路富集采用过度表示分析(over-representation analysis,ORA)方法,评估交集靶点在各通路中的富集程度,并筛选出与RA相关的显著通路。

2 结果

2.1 5种经典汤剂中药有效活性成分及靶点获取

通过类药性指数和口服生物利用度筛选,分别获得5种汤剂各组分中药所含有效活性成分(表1)。合并37种中药的活性成分对应靶点并剔除重复值共307个。

  • 表格1 治疗RA的复方
    Table 1.Compounds for treating RA

2.2 RA的疾病靶点和Venn分析

本研究从GeneCards数据库获取与RA相关的基因靶点,筛选后得到4 210个RA相关疾病基因。将这些中药的有效活性成分作用靶点与RA的主要疾病作用靶点取交集,删除重复基因,共得到140个药物-疾病交集靶点(图1)。将5种汤剂的活性成分共同作用靶点取交集,发现有199个共同靶点(图2)。

  • 图1 药物与疾病靶点交集
    Figure 1.Intersection of drug and disease targets

  • 图2 5种汤剂共同作用靶点交集
    Figure 2.Intersection of common targets among the five herbal decoctions

2.3 药物—靶点—通路网络分析

构建相关中药活性成分与各通路作用靶点间的关系网络图,即“药物—疾病—通路”网络图(图3),并利用Network analyzer分析网络图中各节点拓扑值,筛选出核心有效成分与核心靶点(表2和表3)。

  • 图3 中药抗类RA的多靶点调控网络
    Figure 3.Multi-target regulatory network of traditional Chinese medicine against RA

  • 表格2 核心活性成分网络节点拓朴值特征
    Table 2.Topological parameters of core bioactive component network nodes

  • 表格3 核心靶点网络节点拓扑值特征
    Table 3.Topological parameters of core target network nodes

2.4 PPI网络分析

构建5种汤剂的有效成分交集基因发挥抗 RA 作用的PPI网络图。如图4所示,连接度最高的前10位蛋白为Akt激酶(Akt kinase,AKT)1、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素(interleukin,IL)-6、TP53、IL-1β、CASP3、基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)9、转录后基因沉默(post-transcriptional silencing,PTGS)2、Jun激酶、B细胞淋巴瘤-2(B cell lymphoma/leukemia-2,BCL2),是有效成分发挥抗RA作用的主要核心蛋白。

  • 图4 PPI网络
    Figure 4.Protein-protein interaction network
    A. 5种汤剂活性成分与RA靶点关系网络图;B. 核心靶点PPI。

2.5 GO功能及KEGG富集分析

为进一步验证5种汤剂在RA上140个靶点的生物学特性,进行了GO富集分析以阐明生物学过程。根据其P值,共获得2 830条GO功能条目,包括2 337个BP、54个CC、167个MF。从中筛选出与RA作用相关且差异更显著的BP、CC、MF前10个条目。如图5A所示,GO功能分析显示,5种经典汤剂活性成分发挥治疗RA的过程中,其BP主要富集在对外源性药物的反应、对分子的刺激反应等;CC主要富集在细胞膜、囊腔等;MF主要富集在激酶调节因子活性、DNA结合转录等。进行KEGG通路富集分析以探索潜在通路,前30条富集通路如图5B所示。KEGG通路的详细信息见表4。这些富集的靶点与多个信号通路相关,主要包括主要通路包括晚期糖基化终末产物(advanced glycation end product,AGE)-晚期糖基化终末产物(receptor for advanced glycation end products,RAGE)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)-AKT信号通路、动脉粥样硬化、IL-17等通路。其中TNF通路是RA炎症的核心驱动因素,具体通路图见图6。

  • 图5 GO和KEGG富集分析
    Figure 5.GO and KEGG enrichment analysis
    注:A. 5种汤剂活性成分作用RA的GO分析;B. 5种汤剂活性成分作用RA的KEGG分析。

  • 表格4 复方汤剂治疗RA的前15条信号通路
    Table 4.Top 15 signaling pathways of the compound decoction for the treatment of RA

  • 图6 靶点富集在TNF通路图
    Figure 6.Map of target enrichment in TNF pathway
    注:A. 作用于TNF通路上调的靶点;B. 作用于TNF通路下调的靶点。

3 讨论

RA是一种以滑膜炎症、关节破坏为特征的慢性自身免疫性疾病,现代医学研究认为其发病与T细胞、B细胞异常活化及自身抗体产生密切相关[15]。尽管西医在RA治疗中已取得显著进展,但仍无法完全治愈该病,且长期使用可能伴随感染、心血管风险等不良反应。因此,中医药在RA治疗中的独特优势逐渐受到关注。从中医理论来看,RA属于“痹症”范畴[16]。《金匮要略》中提出的“风寒湿三气杂至,合而为痹”奠定了中医对RA的认识基础,并发展出多种经典方剂  [17],不仅能缓解关节疼痛、肿胀和晨僵,还能调节机体免疫状态,减少炎症反应。

通过整合麻黄加术汤、桂枝芍药知母汤、宣痹汤、独活寄生汤、补肾驱寒治尪汤这五种中医复方的化学成分,网络药理学筛选出287种有效活性成分,并进一步分析其与类风湿性关节疾病靶点的交集,构建多靶点调控网络。研究发现,槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素和β-谷甾醇是连接度最高的核心成分,其作用靶点显著富集于AGE-RAGE、PI3K-AKT、TNF等信号通路[18]。值得注意的是,这些通路与RA的病理机制高度相关,尤其是TNF通路。

槲皮素作为最主要的核心成分,其治疗RA的多重机制已得到了广泛研究。槲皮素可以显著降低促炎细胞因子[如TNF-α、IL-6、IL-17和γ干扰素(interferon-γ,IFN-γ)]的释放,这与本研究发现的IL-17通路富集结果相符,同时槲皮素通过调控JAK1/STAT3/低氧诱导因子(hypoxia-inducible factor,HIF)-1α信号轴,抑制成纤维样滑膜细胞的增殖、迁移和侵袭,并促进其凋亡[19]。此外,槲皮素还能调节Th17/Treg平衡,减少自身免疫反应,并通过下调基质金属蛋白酶(MMP-1、MMP-3)的表达抑制骨侵蚀,从而预防骨损伤[20]。除了对关节的保护作用,新近研究还表明,槲皮素可通过抑制中性粒细胞自噬,减少中性粒细胞外陷阱的形成,从而延缓RA的进展[21]。总体而言,槲皮素通过调节免疫反应、抑制炎症信号通路以及保护软骨和骨组织,在RA治疗中应用广泛[22]。而其他核心活性成分如木犀草素具有显著的抗炎作用,可抑制RA患者滑膜成纤维细胞的增殖和促炎因子的表达,调节Th17/Treg平衡,减少炎症反应和骨破坏[23]。山柰酚可通过抑制PI3K-AKT和核因子κB(nuclear factor κB,NF-κB)通路,减少促炎细胞因子的产生,抑制滑膜细胞增殖及破骨细胞形成,发挥抗炎和抗骨破坏作用[24]。汉黄芩素能抑制关节滑膜炎症反应,降低IL-1β、TNF-α等因子水平,并通过抑制促分裂原活化的蛋白质激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)和NF-κB信号通路改善RA病理损伤[25]。β-谷甾醇可减轻RA模型小鼠的关节炎症状,降低炎症因子水平,并通过调节免疫功能发挥抗RA作用[26]。

TNF-α作为关键的促炎细胞因子,在RA中的作用尤为突出。TNF-α主要由活化的巨噬细胞和滑膜细胞分泌,可以诱导成纤维细胞样滑膜细胞增殖,促进炎症介质(如IL-6、MMP-1、MMP-3)的释放,导致关节炎症和软骨破坏[27]。TNF-α刺激破骨细胞分化,通过NF-κB受体激活蛋白配体(receptor activator of NF-κB ligand,RANKL)途径加剧骨侵蚀[28]。PI3K-AKT是细胞存活和增殖的关键信号通路,在RA中被过度激活。AKT通过激活NF-κB和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)通路,促进促炎细胞因子(如IL-1β、IL-6、TNF-α)的产生[29]。PI3K-AKT的活化增强成纤维细胞样滑膜细胞的存活和侵袭性,导致滑膜增生和关节破坏。RAGE激活后触发NF-κB和MAPK通路,促进TNF-α、IL-1β、IL-6等细胞因子的释放,加剧慢性炎症[30]。RAGE可能参与自身抗原(如瓜氨酸化蛋白)的识别,促进抗瓜氨酸肽抗体的产生。PI3K-AKT通过调节细胞存活和炎症信号促进RA进展,是JAK抑制剂等药物的间接靶点。AGE-RAGE通路,通过氧化应激和自身免疫反应加剧RA,是新兴的研究靶点,但临床转化仍需进一步探索[31]。

综上所述,本研究通过网络药理学系统解析了麻黄加术汤、桂枝芍药知母汤、宣痹汤、独活寄生汤及补肾驱寒治尪汤治疗RA的潜在作用机制,发现5种经典中医方剂通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、β-谷甾醇等核心活性成分,作用于AKT1、TNF、IL-6、TP53、IL-1B等关键靶点,主要涉及PI3K-Akt、AGE-RAGE、TNF及IL-17等RA相关信号通路,呈现“多成分-多靶点-多通路”协同干预特点。这不仅从分子机制层面阐释了经典中医方剂治疗RA的科学基础,也为后续药效实验及新药开发提供了理论支持。然而,基于数据库预测的网络药理学研究仍需结合细胞及动物实验验证,未来可整合多组学技术深入探索其系统调控机制,并开展临床研究评估其疗效与安全性,推动中医药在RA防治中的创新应用。

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