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基于网络药理学和分子对接探讨苋菊消疹汤治疗特异性皮炎的作用机制

更新时间:2025年05月31日阅读:207次 下载:26次 下载 手机版

作者: 陈文东 1 周钞 1 徐欣昌 1 冯树航 2 管家齐 2 王磊 2 查伟峰 1

作者单位: 1. 杭州市第三人民医院药学部(杭州 310009) 2. 浙江中医药大学临床中药学教研室(杭州 310053)

关键词: 苋菊消疹汤 特异性皮炎 分子机制 网络药理学 分子对接

DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202503123

基金项目: 浙江省中医药科技项目(2025ZL464)

引用格式: 陈文东,周 钞,徐欣昌,冯树航,管家齐,王 磊,查伟峰. 基于网络药理学和分子对接探讨苋菊消疹汤治疗特异性皮炎的作用机制[J]. 药学前沿, 2025, 29(5): 730-738. DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202503123.

CHEN Wendong, ZHOU Chao, XU Xinchang, FENG Shuhang, GUAN Jiaqi, WANG  Lei, ZHA Weifeng. Mechanism of Xianju Xiaozhen decoction in treating atopic dermatitis based on network pharmacology and molecular docking[J]. Yaoxue QianYan Zazhi, 2025, 29(5): 730-738. DOI: 10.12173/j.issn.2097-4922.202503123.[Article in Chinese]

摘要| Abstract

目的  本研究采用系统药理学方法解析苋菊消疹汤干预特应性皮炎的分子机制。

方法  通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对复方苋菊消疹汤组分进行生物活性成分筛选及靶点预测,整合GeneCards疾病数据库获取特异性皮炎(AD)相关靶点基因。采用维恩图分析获得药物-疾病共同作用靶点集,导入STRING数据库及Cytoscape 3.9.1构建蛋白质互作网络,运用拓扑学算法识别关键调控靶点并进行基因功能和通路富集分析。最后通过分子对接技术评估活性成分与核心靶点的结合亲和力,从三维构象层面验证相互作用。

结果  共筛选出35种苋菊消疹汤的有效活性成分,695个对应靶点。其中,连接度最高的前4 种化学成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚和花生四烯酸。AD的疾病靶点共4 682个,药物与AD的交集靶点有177个,核心靶点包括前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)、90 kDa热休克蛋白A1(HSP90AA1)和二肽基肽酶4(DPP4)。功能富集分析显示,这些靶点主要参与异种刺激的反应、核受体活性、转录因子活性和囊泡腔等生物进程;相关信号通路主要包括肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路以及白细胞介素-17(IL-17)等免疫通路。分子对接研究结果表明,核心靶点与前4种活性成分的结合能均低于-5 kcal/mol,其中木犀草素与PTGS2、HSP90AA1的结合表现最佳。

结论  苋菊消疹汤的活性成分可能通过多通路、多靶点协同作用发挥治疗AD的作用,本研究为进一步的探索AD基础实验研究和临床应用提供了理论依据。

全文| Full-text

特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)是一种常见的慢性复发性炎症性皮肤病,其主要特征为持续性瘙痒,对患者的生活质量产生显著的负面影响[1]。AD主要发生于儿童,全球儿童患病率高达20%,部分患者的症状会持续至成年[2]。造成AD的因素包括:基因多态性导致的表皮丝聚蛋白表达缺陷,致使角质层结构异常和经皮水分丢失增加;Th2型免疫偏移引发白细胞介素(interleukin,IL)-4、IL-13等细胞因子促进免疫球蛋白E(immunoglobulin E,IgE)过度分泌和嗜酸性粒细胞浸润;同时,外界环境致敏原渗透形成“外源性刺激-内源性应答”恶性循环。这种遗传-免疫-屏障-环境的交互作用构成了AD慢性复发的病理基础 [3]。目前,AD的常规治疗主要依靠外用糖皮质激素、免疫抑制剂和抗组胺药等,以缓解症状为主[4-5]。然而,长期使用这些药物可能导致不良反应或耐药性,且部分中重度患者的症状仍难以控制[6-8]。

中医药在治疗炎症性皮肤病遵循“清热解毒-疏风止痒-扶正固表”的协同治疗理念,通过中药的多靶点、多通路作用,实现标本兼治[9-10]。地骨

皮、菊花、浮萍、金银花、川芎、防风、白鲜皮、马齿苋、蝉蜕、荆芥等多种中药,通过方剂加减广泛用于治疗特异性皮炎、荨麻疹、湿疹等疾病,有助于缓解皮肤瘙痒、红斑等症状[11-12]。苋菊消疹汤为杭州市第三人民医院皮肤科协定方,由菊花、金银花、马齿苋3味药组成,其组方原则基于中医辩证论治理论,针对特异性皮炎的“湿热浸淫”及“血热风燥”的核心病机,采用“清热为主,兼顾解毒利湿,表里同治”的治法,适用于急性期或湿热型特异性皮炎。在经过长期的临床观察发现,该药方具有起效快、安全性高、灵活性强(可根据证型加减配伍)的特点,在临床实践中应用广泛。网络药理学通过构建“成分-靶点-通路”多维网络,可以系统揭示中药多组分协同效应,而分子对接技术可从原子层面阐释活性成分与生物大分子的相互作用模式。本研究通过系统分析由菊花、金银花、马齿苋组成的苋菊消疹汤的活性成分、靶点和信号通路,可以全面了解其在AD治疗中的潜在机制。本研究旨在基于网络药理学和分子对接方法,探讨苋菊消疹汤治疗特异性皮炎的分子机制。

1 方法

1.1 苋菊消疹汤有效活性成分的筛选

采用类药性指数(oral bioavailability,DL)≥0.18、口服生物利用度(drug-likeness,OB)≥30%为初步筛选条件,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP,https://old. tcmsp-e.com//tcmsp.php)数据库以菊花、金银花、马齿苋为关键词获取苋菊消疹汤的核心化学成分及其蛋白质作用靶点,并将筛选后的靶点输入UniProt蛋白质数据库(https:// www.uniprot.org)规范化处理。

1.2 获取AD相关疾病靶点

以特异性皮炎的英文“Atopic dermatitis”为关键词,在 GeneCards 疾病数据库(https://www.genecards.org)中挖掘特异性皮炎的潜在靶点。筛选出 Relevance≥1的数据进行保存,再次用 UniProt蛋白质数据库进行规范化处理,得到AD靶点。随后在R 4.4.2版本利用维恩图包绘制苋菊消疹汤与Atopic dermatitis交集基因韦恩图,即“药物-疾病”交集靶点。

1.3 构建“药物-疾病-靶点”网络

将菊花、金银花、马齿苋的活性成分作用靶点与“药物-疾病”交集基因相对应,并在 Cytoscape 3.8.0软件中通过内置插件Centiscape 2.2根据度(degree)、中介中心性(betweenness)及接近中心性(closenesss)等网络拓扑参数为依据判断其核心靶点及发挥药效的主要活性成分并可视化,构建“药物-疾病-靶点”网络图。

1.4 构建蛋白质互作网络图

在STRING数据库(https://cn.string-db.org)建立蛋白质交互(protein-protein interaction,PPI)网络图:将共同靶点列表载入平台,设置物种为智人,导出TSV格式互作数据。再将PPI网络模型导入CytoScape 3.9.1可视化网络拓扑结构,运用CytoHubba插件的最大互相关(maximum cross correlation,MCC)算法识别前10个枢纽节点,结合NetworkAnalyzer计算节点筛选关键调控蛋白。

1.5 GO富集分析和KEGG信号通路富集分析

在R 4.4.2中通过R包(clusterProfiler、org.Hs.eg.db、enrichplot、ggplot2)对交集靶点进行修正P值(adj. P<0.05),并进行GO功能分析、KEGG 富集分析,在生物过程(biological process,BP)、细胞组分(cellular component,CC)、分子功能(molecular function,MF)中分别筛选与 AD治疗相关的前 10 个条目和通路。

1.6 分子对接

从UniPro数据库(https://www.uniprot.org/)得到目标蛋白的编号,并在PDB(Protein Data Bank)数据库(https://www.rcsb.org/)中下载蛋白的3D结构(PDB 格式文件),获取化学成分连接度最高的前几种潜在有效活性成分,进行分子预处理后在AutoDockVina中进行分子对接,并利用PyMOL软件进行可视化。

2 结果

2.1 苋菊消疹汤有效活性成分及靶点获取

通过OB和DL筛选,在TCMSP 初步获取活性成分,以OB≥30%且DL≥0.18为条件筛选并经规范化名称处理后共获得:菊花18种、金银花17种、马齿苋10种,即35个苋菊消疹汤的有效活性成分(删去重复成分后),见表1。获取化学成分作用靶点:菊花270种、金银花220种、马齿苋242种(剔除重复值后)。

  • 表格1 苋菊消疹汤的有效活性成分
    Table 1.Effective active ingredients of Xianju Xiaozhen decoction

2.2 AD的疾病靶点和Venn分析

本研究从GeneCards数据库获取与 AD 相关的基因靶点,筛选后得到4 682个AD相关疾病基因。苋菊消疹汤有效活性成分的作用靶点与AD的主要疾病作用靶点取交集,删除重复基因,共得到177个药物-疾病交集靶点,见图1,苋菊消疹汤治疗AD“药物-疾病”交集靶点韦恩图确定了苋菊消疹汤-特异性皮炎交集靶点177个。

  • 图1 苋菊消疹汤治疗AD“药物-疾病”交集靶点韦恩图
    Figure 1.Venn diagram of the intersecting targets of the "drug-disease" in the treatment of
    AD with Xianju Xiaozhen decoction

2.3 “药物-靶点-通路”网络分析

构建苋菊消疹汤活性成分与各通路作用靶点间的关系网络图,即“药物-疾病-通路”网络图,并利用network analyzer分析网络图中各节点拓扑值,筛选出核心有效成分与核心靶点,见图2。即圆形节点代表药物的活性成分,矩形为靶点,倒三角为药物表示;节点的面积代表其度数,面积越大说明该节点越重要。其中,槲皮素(MOL000098)degree为113,betweenness为0.509  1,closeness为0.536 5,预测槲皮素为苋菊消疹汤治疗特异性皮炎的主要成分,其余相对重要成分依次为木犀草素、山奈酚、花生四烯酸、柚皮素、β-谷甾醇、β-胡罗卜素、刺槐黄素、异鼠李素等。

  • 图2 图2 “药物-靶点-通路”网络
    Figure 2."Drug-Target-Pathway" network
    注:A. 苋菊消疹汤活性成分与AD靶点关系网络图;B. 核心靶点PPI。

2.4 PPI网络分析

构建苋菊消疹汤的有效成分交集基因发挥抗AD作用的PPI网络图。苋菊消疹汤的全部活性成分与AD靶点关系图见图3A,根据degree值筛选出的前20个核心靶点网络图见图3B,其中连接度最高的前10位蛋白为:肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、IL-6、蛋白激酶B(Akt)1、IL-1β、白蛋白(albumin,ALB)、前列腺素内过氧化物合酶(prostaglandin-endoperoxide synthase,PTGS)2、肿瘤蛋白53(tumor protein 53,TP53)、半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶-3(cysteine aspartic acid specific protease-3,Caspase-3)、基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)、Jun原癌基因(jun proto-oncogene,JUN),是苋菊消疹汤有效成分发挥抗AD作用的主要核心蛋白。

  • 图3 PPI网络图
    Figure 3.PPI network diagram
    注:A. 苋菊消疹汤活性成分与AD靶点关系网络图;B. 核心靶点PPI。

2.5 GO功能分析及KEGG信号通路富集分析

对苋菊消疹汤活性成分-疾病作用的交集基因进行GO功能分析,共获得2 830条GO功能条目,包括2 498个BP、103个CC、229个MF。从中筛选出与AD作用相关且差异更显著的BP、CC、MF前10个条目。GO功能分析(图4A)显示,苋菊消疹汤活性成分发挥治疗AD的过程中,其BP主要富集在对异种刺激的反应、对细菌来源的分子的反应等;CC主要富集在细胞膜、囊泡腔等;MF主要富集在核受体活性、转录因子活性等。KEGG 信号通路富集分析(图4B)显示,主要通路包括TNF信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinosito 3- kinases,PI3K)-Akt信号通路、IL-17等免疫通路。

  • 图4 GO和KEGG富集分析
    Figure 4.GO and KEGG enrichment analysis
    注:A. 苋菊消疹汤作用AD的GO分析;B. 苋菊消疹汤作用AD的KEGG分析。

2.6 分子对接分析

选择“药物-靶点-通路”网络图中前4位核心有效成分和蛋白作为配体小分子(木犀草素、槲皮素、山奈酚、花生四烯酸)和目标蛋白[PTGS2、PTGS1、90 kDa热休克蛋白αA1(recombinant heat shock protein 90 kDa Alpha A1,HSP90AA1)、二肽基肽酶-4(dipeptidyl peptidase-4,DPP4)开展分子对接。查询到PTGS2编码为5FI9,PTGS1编码为6Y3C,HSP90AA1编码为1UY6,DPP4编码为1J2E,并在PyMOL上进行受体前处理。结果表明,筛选的核心成分与目标蛋白的结合能均小于-5 kcal/mol,表示分子与靶点结合活性较好;结合能≤-7.0 kcal/mol,表示分子与靶点结合牢固。如图5A,核心成分与蛋白的分子对接热聚图,数值代表蛋白质受体与活性小分子配体的vina score值,即蛋白与分子的结合能,结合能的绝对值越大,表示结合活性越强,分子构象越稳定。其中,木犀草素和PTGS2结合能为-9.4  kcal/ moL,与HSP90AA1的结合能为-9.3 kcal/moL,是结合能最稳定的前两个蛋白,选择这两个结合活性最强的核心靶点进行分子对接可视化,具体的结合位点见图5B~C。

  • 图5 分子对接结热聚图分析和对接结构图
    Figure 5.Analysis of the heatmap of molecular docking results and the docking structure diagram
    注:A. 核心成分与蛋白的分子对接结热聚图分析;B. 木犀草素与PTGS2的分子对接结构图;C. 木犀草素与HSP90AA1的分子对接结构图。

3 讨论

AD作为慢性炎症性皮肤疾病,其病理特征表现为表皮屏障受损、Th2型免疫应答亢进及瘙痒-搔抓恶性循环[13]。在中医学中,AD常常被称“奶癣”“胎敛疮”“四弯风”“湿疮”等。这些名称源于中医对疾病病因病机的认识,认为该病的发生与“内外合邪”有关。所谓“内外合邪”,是指外感之邪与内生之邪相互作用,共同致病。外感之邪主要包括风、湿、热等,而内生之邪则多源于人体阴阳失衡、气血失调,如痰饮、瘀血、内热等,两者共同作用于皮肤腠理,形成湿热搏结,最终引发瘙痒和慢性炎症[14]。因此,中医治疗AD主要采用健脾祛湿、祛风止痒、清热的原则[15]。中药由于其多靶点、多途径、多效性的特点,可有效祛除内外病邪,通过辨证论治的组方方法增强人体正气,改善并纠正过敏体质,调节免疫功能,使机体对外界适应性逐渐增强,恢复自稳调节机制,维持内环境稳定[16-17]。

苋菊消疹汤由菊花、金银花和马齿苋组成,具有清热解毒、利湿止痒的功效。通过网络药理学和分子对接技术筛选出35种有效活性成分,其中槲皮素、木犀草素和山柰酚为核心成分,均为核心类天然黄酮化合物,具有抗炎、抗氧化和抗过敏作用[18]。槲皮素通过调节Th1/Th2平衡,抑制IgE介导的肥大细胞脱颗粒,阻断核因子κB(nudear factor-κB,NF-κB)信号通路,减少IL-4、IL-13等促炎因子释放,同时降低氧化应激和免疫失衡,发挥抗AD作用 [19]。木犀草素同样抑制肥大细胞活化,抑制NF-κB、Janus激酶-信号转导和转录激活因子(Janus kinase-signal transducer and activator of transcription,JAK-STAT)等信号通路,并降低JUK磷酸化,减少炎症介质生成,并通过抑制转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)/Smad通路缓解皮肤纤维化[20-21]。山柰酚则显著抑制炎症细胞浸润和促炎因子表达,同时修复皮肤屏障功能,减少氧化应激损伤[22]。此外,山柰酚通过抑制胸腺基质淋巴细胞生成素介导的2型炎症反应,减少IL-4和IL-13的生成,改善AD样皮炎症状[23]。

HSP90AA1作为分子伴侣蛋白,通过维持靶蛋白构象稳定性参与细胞应激反应。研究证实其通过调控PI3K-Akt信号维持Akt稳定性,调控NF-κB/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白复合体1(mechanistic target of rapamycin complex 1,mTORC1)轴,抑制IL-6、TNF-α释放并促进表皮修复,影响血管生成与缺氧适应,在AD慢性炎症微环境调控中发挥关键作用[24]。PTGS1和PTGS2作为花生四烯酸代谢通路的关键限速酶,催化前列腺素合成,介导瘙痒信号传递与皮肤屏障破坏[25]。抑制PTGS1/2活性可阻断促炎介质(如PGE2)释放,从而缓解AD的炎症级联反应。DPP4除参与葡萄糖代谢外,可通过切割趋化因子控T细胞迁移与活化,影响Th1/Th2免疫失衡,在AD免疫调节网络中具有双重作用[26]。GO分析显示,苋菊消疹汤作用靶点显著富集于对异种刺激的反应、对细菌来源的分子的反应、核受体活性、转录因子活性等。KEGG富集分析PI3K-Akt信号通路,即HSP90AA1通过稳定Akt激酶构象,调控下游NF-κB与mTORC1信号轴,抑制促炎因子(IL-6、TNF-α)释放并促进表皮修复;TNF信号通路下调TNF受体1-TNF受体相关因子2复合体形成,抑制IκBα降解及NF-κB核转位,阻断炎症正反馈环路;IL-17信号通路干预Act1-TNF受体相关因子6相互作用,减少角质形成细胞中β-防御素过度表达,缓解AD慢性皮肤屏障损伤等等[27-32]。尽管具体作用机制和人体疗效仍需进一步验证,但苋菊消疹汤凭借其多靶点和多通路的协同作用,显示出良好的治疗AD潜力。

苋菊消疹汤作为院内协定方,在临床中表现出起效快、安全性高的特点,尤其适用于急性期湿热型AD。本研究通过网络药理学和分子对接技术,初步揭示苋菊消疹汤在治疗AD中的潜在作用机制:以槲皮素、木犀草素、山奈酚等核心成分协同抑制Th2型炎症、修复皮肤屏障。作用于AD的关键靶点HSP90AA1、PTGS1/2、DPP4等调控PI3K-Akt、TNF等通路,阻断瘙痒-炎症恶性循环。然而,由于数据库来源和算法存在差异,研究结论仍需进一步通过分子实验和动物模型加以验证[33]。未来研究可进一步探讨苋菊消疹汤在临床应用中的有效性和安全性,特别是其多靶点、多通路的协同作用机制,为AD的中医药临床治疗提供更充实的依据。然而,由于数据库来源和算法存在差异,其具体作用机制仍需通过动物实验和临床试验进一步验证,尤其是多成分协同效应,需要明确槲皮素、木犀草素等成分的体内药动学相互作用[33]。未来研究应结合代谢组学、蛋白质组学等技术,深入解析其多靶点调控网络,并通过随机对照试验验证疗效,为AD的中医药治疗提供更高级别的循证医学证据。

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